El uso del producto de Kronecker es significativo siempre que su aplicación simplifique la notación y aclare lo que está sucediendo. (Lo siento por esa tautología, pero tu pregunta también lo implicaba.)
Es especialmente útil cuando se necesita replicar una estructura de matriz como subestructura de una matriz más grande, como en particiones (como se menciona en el comentario de Br.M).
Uno de los ejemplos más simples podría ser $$ \begin{pmatrix} 1 & 0 \end{pmatrix} \otimes \begin{pmatrix} 1 & 0 & 0\\ 0 & 1 & 0 \\ 0 & 0 & 1 \end{pmatrix} = \begin{pmatrix} 1 & 0 & 0 & 0 & 0 & 0\\ 0 & 1 & 0 & 0 & 0 & 0\\ 0 & 0 & 1 & 0 & 0 & 0 \end{pmatrix} $$ y $$ \begin{pmatrix} 1 & 1 \\ 1 & 0 \end{pmatrix} \otimes \begin{pmatrix} 1 & 0 & 0\\ 0 & 1 & 0 \\ 0 & 0 & 1 \end{pmatrix} = \begin{pmatrix} 1 & 0 & 0 & 1 & 0 & 0\\ 0 & 1 & 0 & 0 & 1 & 0\\ 0 & 0 & 1 & 0 & 0 & 1\\ 1 & 0 & 0 & 0 & 0 & 0\\ 0 & 1 & 0 & 0 & 0 & 0\\ 0 & 0 & 1 & 0 & 0 & 0 \end{pmatrix} $$
Un ejemplo de aplicación proviene de apilar un VAR
$$ y_t = A_1 y_{t-1} + \cdots + A_p y_{t-p} + u_t $$
como $$ Y = AZ + U $$ donde $Y=[y_1, \cdots, y_T]$, $U=[u_1, \cdots, u_T]$, $Z = [Z_0, \cdots, Z_{T-1}]$, con $$Z_{t-1} = \begin{bmatrix} y_{t-1} \\ \vdots \\ y_{t-p}\end{bmatrix}$$
La matriz de coeficientes A se apila horizontalmente: $A = [A_1:\cdots :A_p]$.
El estimador OLS es $$ \hat{A} = YZ'(ZZ')^{-1} $$ y se distribuye como $$ \textrm{vec}(\hat{A}) \approx N(\textrm{vec}(A), (ZZ')^{-1}\otimes \Sigma_u) $$ donde $\Sigma_u$ es la matriz de varianza-covarianza de $u$. Observa cómo el uso del producto de Kronecker tanto simplifica la notación como aclara cómo exactamente la matriz de covarianza $\Sigma_u$ entra en juego.
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El producto de Kronecker es simplemente una notación utilizada para comunicar cierto tipo de operación de manera compacta. De memoria, sé que se utiliza para escribir las fórmulas de las matrices de covarianzas muestrales y de población en Mínimos Cuadrados en Tres Etapas. Te sugiero que consultes el libro de Econometría de Hayashi para más ejemplos, ya que el libro dedica un apéndice entero a matrices particionadas y al producto de Kronecker.
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Un ejemplo clásico de econometría es el modelo de componentes de error bidireccional ... ver por ejemplo esta brillante publicación: stats.stackexchange.com/questions/458051/… ... esta publicación también incluye un artículo con muchas reglas agradables del producto Kronecker.
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Gracias a ambos - ¡aprecio los comentarios :)