No estoy seguro de su país, pero creo que cada país debe tener un plazo fijo para revertir la transacción (que debe ser inferior a un mes), por favor, pregunte si ese plazo ha pasado o no. Si no ha pasado, lo mejor será esperar un poco más de tiempo antes de informarles.
Una vez transcurrido el plazo de anulación nadie (excepto los organismos gubernamentales con órdenes judiciales) pueden retirar dinero de su cuenta bancaria sin su consentimiento por escrito aunque lo hayan depositado ellos mismos. El mundo sería un lugar extraño si no existiera esta restricción.
Como quieres cerrar la cuenta, puedes dirigirte a tu anterior jefe (o al ejecutivo del departamento de RRHH/Cuentas) y comunicarle tu intención. Después, puedes transferir el dinero en línea a su cuenta o entregarle un cheque para que lo ingrese en su cuenta. De este modo, las cosas terminarán más rápido y te liberarás de esta cuenta adicional.
Si el proceso anterior lleva tiempo, otra solución será transferir el dinero a su otra cuenta (permanente) y darles un cheque de esta cuenta. En este caso también puede utilizar las transferencias en línea o enviarles un cheque por mensajería.
Sea cual sea el modo que elijas para devolver el dinero, asegúrate de tener alguna prueba documentada que pueda ser útil en el futuro.