Mi perspectiva aquí es similar a esta pregunta: ¿Es apropiado incluir tiempo para investigar si no se sabe cómo hacer algo? ya que ambos abordan la cuestión de quién debe pagar por algo que puede ser sólo relevante para un único proyecto, pero que también puede esperarse legítimamente de un contratista.
En su campo, ¿esas herramientas son estándar? Si hago el modelado 3D para el prototipo de un producto, creo que es aceptable que un cliente asuma que tengo uno de los pocos paquetes CAD estándar de la industria. Si trabajo en la pila de Microsoft, creo que es apropiado que un cliente espere que utilice Visual Studio, o al menos que pueda interactuar sin problemas con los desarrolladores que lo hacen.
Fuera de este cliente, ¿son útiles esas herramientas? Utilizando el ejemplo del modelado en 3D, si un cliente espera que yo tenga el mismo paquete que ellos utilizan internamente -y hay (según tengo entendido, y vamos a seguir con eso para el ejemplo) unos cuantos paquetes de CAD que se utilizan en toda la industria-, creo que también es apropiado pedirle al cliente que cubra una parte del coste, de alguna manera vinculada a lo útil que será el paquete para otros clientes en el futuro.
¿Son esas herramientas completamente específicas para el proyecto? Si este es el único proyecto para el que las herramientas serán útiles (porque son para casos de uso nicho, necesarias para problemas heredados, etc.) creo que es aceptable esperar que el cliente cubra el coste, o que proporcione las herramientas directamente.
En tu caso concreto, si el cliente parece entender tu preocupación por el coste, quizá merezca la pena preguntarle por qué quiere que compres el utillaje, en lugar de proporcionártelo. Puede ser que no tengan o no puedan conceder la licencia de las herramientas para que las utilice un contratista. O podría ser que no pueden comprar software que se instala en sistemas que no son de su propiedad (política interna de TI).
Si por alguna razón tiene que comprarlo el contratista, y las herramientas son muy específicas para el proyecto, yo les diría que habrá una tarifa de instalación de 4.000 dólares (o algo similar) que se destinará al coste de la compra y la instalación de las herramientas. Si se resisten a ello, podrías ofrecerles un descuento en los primeros 4 meses de horas (o como sea que les factures), para compensar algunos de ese coste.