No estoy del todo seguro de cuál es el problema exacto que hay que resolver, pero aquí están mis dos centavos.
Es definitivamente es posible tener varias pestañas que representan diferentes cuentas abiertas simultáneamente en GnuCash. Como describe la pregunta, los registros de las diferentes cuentas o subcuentas se abren sucesivamente desde la pantalla principal de Cuentas y cada una se abrirá en su propia pestaña en la ventana de GnuCash. Si se prefiere que el registro se abra en su propia y nueva ventana de GnuCash, esta funcionalidad se puede seleccionar en Preferencias de GnuCash (Menú Edición > Preferencias).
Una vez que las subcuentas deseadas se abren en pestañas separadas, se puede saltar fácilmente de una pestaña a otra para conciliarlas o editar las transacciones según se desee.
Si la pregunta es " ¿Puedo abrir varias pestañas que representen varias cuentas? con un solo clic del ratón ? " - entonces no, no creo que GnuCash esté diseñado para hacer eso.