La respuesta corta es que querrá utilizar las entradas o salidas netas, es decir, los beneficios o las pérdidas.
Según mi experiencia, hay un par de usos diferentes de la TIR y eso puede generar confusión. Es más o menos la misma fórmula, pero desde diferentes ángulos.
Pensando en una inversión en acciones o en un fondo de inversión, se podría proyectar un escenario con una inversión inicial (salida neta) en el primer periodo y luego rendimientos positivos (dividendos, y luego el producto de la venta final, cada uno de ellos una entrada neta) en los periodos siguientes. Este es un modelo que sigue más de cerca la lógica que usted ha expuesto.
Al pensar en un proyecto empresarial o una inversión, se tiende a ver flujos de caja más complicados y menos suaves. Por ejemplo, puede haber un gran gasto de capital inicial en el primer periodo, luego tener un beneficio neto (ingresos menos gastos de mantenimiento en curso), luego otro gran desembolso de capital, y así sucesivamente.
En ambos casos, deberá basar su análisis en las entradas o salidas netas de cada periodo. Depende de la complejidad de la tendencia de los flujos de caja para saber si se trata de un ejemplo sencillo (pago inicial y entradas netas continuas) o de un ejemplo menos sencillo con entradas y salidas.
Otra cosa que hay que tener en cuenta es que sólo hay que incluir los costes aplicables al proyecto. Por lo tanto, no querrá incluir los costes de los gastos generales que existirían incluso si no emprendiera el proyecto.