Ambos modelos se basan en un diferencial, que tiene que ser lo más estacionario / de reversión media posible.
$ y_t = \beta_0 + \beta_1 x_t + \epsilon_t $
En la negociación por parejas, $y_t$ y $x_t$ son los precios logarítmicos, y (por ejemplo) se utiliza la prueba de cointegración de Johansen para identificar los candidatos a una operación de pares. Para los puntos de entrada y salida se utiliza un modelo de corrección de errores. En el documento de Avellaneda y Lee (AL), el $y_t$ y $x_t$ son efectivamente los rendimientos. La reversión a la media se modela como un proceso de Ornstein-Uhlenbeck en los residuos acumulados
$ X_k = \sum_{t=1}^k \epsilon_t,\ \ k = 1,2,...,T$
que son estacionarios (media cero) por construcción. Dado que los residuos se acumulan o se "integran", son estables y pueden mostrar una reversión de la media, al igual que en la negociación tradicional de pares.
Veo dos diferencias importantes: el método AL es (como dice el título) un enfoque de arbitraje estadístico en el que $x_t$ son factores de riesgo o cestas de valores, como los ejemplos de ACP y ETF del documento: no se limita a los pares. Además, en AL no hay una prueba explícita de la fuerza de cointegración, ya que la reversión media está incorporada en el modelo.