Parece que las empresas que venden servicios (como descargas de software) desde fuera de la UE al Reino Unido tienen que registrarse en el IVA si el importe de dichas ventas supera el umbral de registro del IVA en el Reino Unido:
Si el valor de las entregas imponibles que realiza supera un umbral determinado umbral especificado [entonces] debe registrarse a efectos del IVA
Por lo tanto, parece plausible que esta empresa tenga alguna obligación de repercutir el IVA en sus ventas, pero es evidente que debería haberlo hecho en el momento de la venta, no meses después.
Como usted dice, la legislación del Reino Unido y de la UE exige que los precios se muestren con los impuestos correspondientes incluidos. Como este negocio está en EE.UU., podrían alegar que esas normas no se aplican a ellos. Pero no tengo conocimiento de que ni siquiera las empresas estadounidenses puedan reclamar el impuesto sobre las ventas a un cliente estadounidense meses después de haber realizado una venta, y va en contra de todos los principios razonables de la ley si pudieran hacerlo.
Así que la empresa debería aceptar que ha metido la pata y que ahora tendrá que asumir el golpe y pagar el impuesto ella misma. Pueden trabajar como si el precio antes de impuestos fuera $12.99/1.2 = $ 10,825, lo que deja 2,165 dólares que tienen que entregar a HMRC. No creo que haya ninguna forma legal de que puedan exigirte dinero ahora, y ciertamente por una suma tan baja no hay forma práctica de que puedan hacerlo.
No encuentro nada definitivo ni en un sentido ni en otro, pero supongo que es posible que HMRC te considere el importador en estas circunstancias y, por tanto, responsable del IVA tú mismo. Pero no sé de ninguna manera práctica para informar de esto a HMRC o pagarles el dinero, y de nuevo teniendo en cuenta la cantidad no hay ninguna posibilidad realista de que quieran perseguirte por ello.
En tu lugar, ignoraría el correo electrónico o les escribiría y les diría amablemente que deberían haber anunciado el coste en su momento y que no estás dispuesto a pagar más ahora. Y tal vez quieras vigilar la tarjeta con la que pagaste para asegurarte de que no intentan cobrarlo de todos modos.
EDIT: como se ha señalado en un comentario, la empresa que está detrás de esto (¡o al menos una con un problema y una redacción muy similar en sus correos electrónicos! reconociendo que en realidad no pueden hacer esto y que tendrán que pagar el impuesto con el dinero que ya han cobrado, como he descrito anteriormente. Sin embargo, parece que no se han puesto en contacto con las personas a las que enviaron un correo electrónico para informarles de esto. Hay algo más de discusión aquí .