Si la serie temporal tiene autocorrelación, entonces tienes razón, root cuadrada de la escala de tiempo no es aplicable. Normalmente la autocorrelación se elimina utilizando el marco GARCH o el marco ARMA/GARCH, entonces se obtiene una volatilidad heterocedástica por definición de GARCH.
Para la segunda parte de la pregunta, digamos que se trata del modelo Black-scholes. Para ello se supone que la volatilidad es constante y es la volatilidad al vencimiento. Por lo tanto, la volatilidad utilizada es la volatilidad prevista al vencimiento. Usted puede pronosticar que la volatilidad utilizando GARCH también, en aras de encajar en la fórmula de BS.