El pago de los impuestos de personal para su declaración de impuestos con el IRS venido siempre de su cuenta personal, independientemente de cómo el dinero se lo ganó.
De ventas el impuesto a pagar de su cuenta de negocios, por lo que el impuesto de sociedades, si los aplican; pero si usted está hablando acerca de sus pagos de impuestos al IRS por sus ingresos personales que deben ser pagados de su cuenta personal.
También, afirmar lo obvio, si usted está pagando un contador para manejar las cosas siempre se puede pedir que se aclare bien. Van a tener respuestas más precisas.
EDITAR Añadiendo en su última parte de la pregunta que me perdí:
En prácticamente todos los casos de LLC son lo que se llama un pase a través de la entidad. Para estas entidades, todos los ingresos en los ojos del gobierno federal pasa directamente a través de la entidad a los propietarios que en el final de cada año. Luego se gravan personalmente en este ingreso neto en su tasa impositiva individual, que es la versión abreviada al menos. La LLC no paga impuestos directamente al gobierno federal relacionadas con sus ingresos.
Aquí un recurso si usted desea aprender más acerca de la LLC: http://www.nolo.com/legal-encyclopedia/llc-basics-30163.html