La igualdad que estás preguntando es
$$ \int_0^t \int_0^s \mathrm{d}W_u \mathrm{d}s = \int_0^t \int_u^t \mathrm{d}s \mathrm{d}W_u. $$
Cuando aplicas Fubini, necesitas asegurarte de que el dominio sobre el que estás integrando no cambie. En el lado izquierdo, tanto $s$ toma valores en $[0, t]$ y para cualquier $s$ dado, $u \in [0, s]$. Mira el gráfico a continuación.
Ahora, cuando inviertes el orden de integración, dejas que $u$ vaya desde $[0, t]$. Para integrar sobre la misma área, para cualquier $u$ dado, debes dejar que $s \in [u, t]$. Mira el segundo gráfico, que es básicamente el primero reflejado a lo largo de la diagonal.