¡Espera un momento! Creo que es de suma importancia primero examinar si los puntos de datos son verdaderos valores extremos, es decir, ruido que está contaminando los datos, ¡o quizás las piezas más importantes de la serie temporal!
Por ejemplo, cuando se observan los datos del mercado de valores de Estados Unidos de los últimos 50 años y se eliminan solo las diez mayores movimientos porque son valores extremos, ¡se obtiene una serie temporal completamente diferente!
Ver página 276 de El Cisne Negro de Nassim Taleb
¡Así que tienes que ser extremadamente cuidadoso y verificar dos veces todos los puntos de datos que elimines por cualquier método disponible!
En general, lo que consideras un valor extremo también depende en gran medida del modelo que estás utilizando. Así que lo que parece ser un valor extremo en un modelo (por ejemplo, un modelo lineal) es parte del paquete en un modelo más complejo (por ejemplo, un modelo no lineal). Por lo tanto, también es cuestión de experiencia cómo proceder.
En resumen, creo que no hay una respuesta fácil a tu pregunta. Un buen punto de partida puede ser el primer capítulo del siguiente libro nuevo (2013) que está disponible en línea:
Análisis de valores extremos por C. Aggarwal
En una nota más práctica, puedes usar el paquete de pronóstico en R en su nueva versión 5.0 de Rob Hyndman. La nueva versión acaba de ser lanzada (27/01/2014) y tiene funcionalidades mejoradas para el preprocesamiento de series temporales y valores extremos:
http://robjhyndman.com/hyndsight/forecast5/