En primer lugar, para dejarlo claro: el modelo de Heston no genera volatilidad negativa, pero -por ejemplo- una discretización de Euler del modelo de Heston puede generar volatilidad (o varianza) negativa. No es un problema del modelo. Es un problema del esquema numérico.
Si se utiliza un esquema de Euler que genera una volatilidad negativa y luego se utiliza cualquiera de los métodos citados en su pregunta (por ejemplo, la volatilidad del suelo, tomar el valor absoluto de la volatilidad, etc.), entonces se está modificando efectivamente el modelo. En consecuencia, la calidad de la calibración del modelo puede verse afectada, ya que las fórmulas analíticas dejan de ser válidas. Trabajar con una discretización temporal más fina puede curar esto, ya que la probabilidad de llegar a cero se reduce.
Dicho esto, supongo que la pregunta aquí es más bien: ¿Qué esquema numérico debe utilizarse para el modelo de Heston?
Aquí puede ser útil echar un vistazo al documento de Broadi y Kaya:
Broadie, M.; Kaya, O.: Exact Simulation of Stochastic Volatility and other Affine Jump Diffusion Processes. Investigación de operaciones , 2006, Vol.54, No.2, 217-231.
Ver también http://finmath.stanford.edu/seminars/documents/Broadie.pdf