Si usted no es una persona estadounidense y no está físicamente presente en los estados unidos - no estás obligado a pagar impuestos a los estados unidos. ¿Por qué?
En cuanto a Portugal - es necesario consultar con el local especialista en impuestos, pero ser un buen ciudadano y ser empleado localmente por una entidad extranjera, me imagino que estaría clasificado como contratista/autónomos y a imposición en consecuencia. De nuevo, sólo una conjetura, pero que funcionará en cualquier país que me conocen o han vivido en la (hasta ahora varios y sigue contando).
En cuanto a la empresa - que probablemente no pagaría impuestos para usted, a menos que establecer un local (UE/portugués) a la empresa a pagar un salario. Si está en los estados unidos y usted está en Portugal, es probable que usted pagará como un contratista, es decir: usted paga sus propios impuestos.
Ambos usted y a su empresa a tener que consultar con un profesional con licencia, de la que no estoy, por supuesto, así que tome mi (o en la de alguien más en este sitio) respuesta con un grano de sal.
Por cierto, ¿por qué mencionar Suecia? ¿Te refieres a que no tienen presencia oficial en Portugal?