Yo diría que tienes un par de opciones que se diferencian por la cantidad de tiempo requerido.
Opción 1: Exporta los libros de cuentas de tus bancos para los periodos no contabilizados que mencionas y luego impórtalos en GNUcash. No estarán categorizados, pero es una tarea bastante sencilla revisar y categorizar los principales. Todo lo demás puede ser categorizado en una cuenta "no contabilizada" y ser categorizado adecuadamente con el tiempo en una fecha posterior o simplemente dejarlo sin contabilizar.
Opción 2: Haga un asiento en cada uno de sus pasivos y activos que también forme parte de la cuenta de gastos "no contabilizados", pero que contenga el número necesario para equilibrar sus cuentas ahora. Esta opción es, con mucho, la más sencilla y le permitirá empezar de cero, pero manteniendo sus registros anteriores en el mismo libro.
Opción 3: Inicie un nuevo libro de contabilidad con la misma estructura de cuentas/gastos que su libro anterior. De aquí en adelante, usted abriría este archivo de GNUCash y comenzaría de nuevo. También es rápido y fácil, pero no hay forma de ver el libro mayor anterior y ejecutar informes a menos que lo abra por separado. En realidad, hago esto cada dos años como una forma de obligarme a eliminar las cuentas obsoletas y recortar la grasa, ya que GNUcash puede tardar mucho en abrirse cuando el libro mayor contiene muchos años de transacciones.