Hay muchos productos especializados para datos tick de HF. Además de KDB que mencionaste, están OneTick, Vertica, Infobright, y algunos de código abierto como MonetDB, etc. (ver http://en.wikipedia.org/wiki/Column-oriented_DBMS).
En mi experiencia, las Bases de Datos Orientadas a Columnas están sobrevaloradas cuando se trata de datos tick, porque muy a menudo se solicita todo el tick o el registro completo (en lugar de solo una columna de un registro, es decir, para lo que las bases de datos orientadas a columna están optimizadas). En mi experiencia, la clave para la velocidad es más que uses un índice clusterizado para tu base de datos, definiendo así el orden en el que los datos se almacenan en el disco duro. Si principalmente consultas la serie temporal de un instrumento dado (en lugar de los últimos precios de un grupo de instrumentos), entonces querrás clusterizar por (Instrumento, TickTimestamp), haciendo que las consultas sean extremadamente rápidas incluso para tamaños de tablas enormes.
Luego está también la corriente de pensamiento que juega con nuevas alternativas desde el campo de NoSQL, como BigTable, MongoDB, etc. Es un área interesante, pero mi creencia personal es que están hechas principalmente para modelos de datos flexibles, lo cual no es nuestro requisito principal. Puedes hacer que funcionen, y funcionarán muy rápido, pero esto viene a costa de un soporte de herramientas más arcaico, curvas de aprendizaje más empinadas, etc.
He estado usando muchas bases de datos diferentes (Oracle, MySQL, SQLServer, MongoDB, MonetDB) a lo largo de los años, y mi conclusión es que la mayoría de ellas funcionan bastante bien para almacenar datos de series temporales financieras si las comprendes y las diseñas en consecuencia. Actualmente, estoy usando principalmente SQLServer, que es algo más rápido que MySQL, gratuito para conjuntos de datos más pequeños, y hace la mayoría de las cosas que necesito. El soporte para R (y Matlab y muchos otros entornos) es bastante bueno a través del paquete ODBC de R.