En GnuCash, la función de conciliación está disponible para todas las cuentas, independientemente del tipo de cuenta (ya sea un activo, un pasivo, un gasto, etc.). En algunas cuentas, como las cuentas de ahorro bancarias, las tarjetas de crédito, etc. (en las que recibes extractos), la conciliación tiene un beneficio obvio, ya que sincroniza tus registros con los de la institución. Hago esta aclaración porque, aunque a veces es necesaria y siempre está disponible, no siempre es necesaria. En el pasado he conciliado cuentas "personalizadas", pero nunca me había planteado conciliar una cuenta de gastos.
En cualquier caso, cuando abro la conciliación para una de mis cuentas, veo las mismas ventanas y campos que has publicado en tu pregunta, con la excepción de que el "Saldo final" que introduzco en la ventana "Información de conciliación" coincide con el "Saldo final" que se muestra y se utiliza en los cálculos de la ventana de conciliación. Si viera un valor no coincidente como ese, probablemente intentaría reiniciar la aplicación por completo y ver si se comporta mejor después del reinicio.