Acabamos de tener el mismo problema.
tl;dr - Parece que tiene que desbloquear el período de transacción para conciliar. El peligro aquí es que puede afectar a los informes que ya ha realizado, por lo que probablemente debería hablar con su [asesor/contable/persona que estableció la fecha de bloqueo].
Versión larga: Las páginas de ayuda de Xero identifican una situación similar aquí donde las fechas de bloqueo afectan a la asignación de créditos a facturas fuera del periodo de bloqueo.
En nuestro caso, teníamos una transacción bancaria con fecha de 30 de junio y una factura de proveedor con fecha de 1 de julio. En el futuro, voy a asegurarme de que hemos conciliado todo antes de tener que bloquear las fechas para el cierre del ejercicio.
A conciliar Tuve que visitar Ajustes generales > Ajustes financieros, en la sección en la parte inferior de la página hay dos tipos de fecha de bloqueo . Las fijé en una fecha anterior a mi transacción no conciliada (28 de junio), las concilié y luego las volví a fijar.