La forma de aplicar la inversión inicial depende de la naturaleza de esa inversión. Se podría considerar la inversión inicial como un coste fijo (si es que realmente lo es), calcular entonces el valor actual neto de todos los ingresos y restarlo/compararlo con el coste fijo. Para ello hay que tener en cuenta la inflación, por supuesto.
Una alternativa es considerar la inversión inicial como parte de los costes de capital. Por ejemplo, la inversión inicial puede haber sido prestada y usted está pagando actualmente intereses por ese préstamo. O puede imaginar que compró capital (por ejemplo, terrenos y máquinas) con la inversión y se los está alquilando a usted mismo, lo que restaría de sus beneficios. De este modo, se capta el coste (de oportunidad) de ese capital. En una función de beneficios de economía clásica, eso corresponde al $r*K$ parte de la ecuación de beneficios $\Pi = p*y -w*L - r*K$ donde p son los precios, y son las unidades de producción, w son los salarios y L son las cantidades de mano de obra.
En cuanto al primer punto, se aplica la inflación como se haría normalmente cada vez que se desea comparar cantidades monetarias a lo largo del tiempo por cualquier motivo.
Por ejemplo, supongamos que realizó la inversión el año pasado y tiene beneficios este año. Para compararlos, puedes convertir los beneficios de este año a dólares del año pasado. Para ello, puedes dividir los beneficios de este año por el porcentaje de inflación 1+cpi, o multiplicarlos por el deflactor (pib).
En cuanto al segundo punto, la diferencia no es artificial. Estás describiendo economías de escala muy reales, que aumentan la rentabilidad.