Lo más probable es que puedas rectificar esta situación.
En primer lugar, llame al número público de la CRA. Puede que tenga que esperar un rato en espera. Vea su número aquí: 1-800-959-8281 https://www.canada.ca/en/revenue-agency/services/payments-cra/individual-payments/income-tax-instalments/claim-amounts-tax-return.html
Pregunte al agente cuándo ve el pago en su cuenta como recibido. A continuación, pregunte si el pago se aplicó inicialmente a 2021. Lo más probable es que el pago se recibiera, pero no se aplicara originalmente a su ejercicio fiscal de 2021, sino que tal vez estuviera en una cuenta "no aplicada". No es probable que le resuelvan esto inmediatamente por teléfono, pero sí es posible que tengan autoridad para hacerlo. Mientras habla por teléfono, pida ayuda para configurar su CRA Myaccount, que le dará acceso en línea a su saldo adeudado, etc., y le será útil en años futuros.
Si no le resuelven el problema por teléfono, tendrá que escribir una amable carta a la CRA solicitando que reconozcan el momento de su pago inicial y reduzcan el importe de los intereses de penalización calculados en la proporción correcta. Incluya toda la información pertinente en su carta, incluidos los anexos de los plazos de las transacciones bancarias, etc., y una tabla sencilla que muestre el cálculo de cómo calcularía usted personalmente el importe de los intereses. De nuevo sé amable - básicamente estás pidiendo a alguien que te haga un favor, diciendo que tu intención era hacer un pago para reflejar a tiempo, pero que no esperabas que el saldo total fuera tan alto, etc. etc. etc. Un agente de la CRA tiene bastante margen de maniobra para acceder o no a su petición. Básicamente, estás pidiendo clemencia por tu esfuerzo de "buena fe" para realizar el pago a tiempo.
A la hora de decidir si merece la pena el esfuerzo, fíjese en la cantidad real que podría cambiar - [ editado después de releer su pregunta Como le van a imponer una multa del 5% más un 1% por cada mes de retraso, es muy probable que este proceso le merezca la pena.
Como nota al margen, creo que deberías reflexionar sobre si estás dedicando tu energía a resolver este problema, o a gritar al vacío. El marco de tu pregunta es básicamente "¿Por qué es tan injusto el sistema?". [algo con lo que, créeme, simpatizo], cuando podrías preguntar de forma más pragmática "¿Cómo puedo resolver mi problema navegando por el [terrible] sistema?". Aunque la declaración de la renta es un engorro, te estás complicando las cosas a ti mismo al no abordarla en el plazo requerido. Tenga en cuenta que es probable que se enfrente a un mayor escrutinio y posiblemente también a sanciones si cae en una situación similar el próximo año.