He probado 3 formas
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pagar la factura y luego registrar un débito para compensar el pago. Se desordenan los totales pero el saldo es el mismo.
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pagar la factura y luego aplicar un reembolso del 100% en la pantalla de pago. Esto no parece funcionar ya que la factura no está marcada como de pago.
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una nota de crédito. He creado una nueva factura y la he marcado como tipo de nota de crédito. He pulsado "pagar" en la factura que hay que cancelar y he seleccionado la nota de crédito. No se aplica la nota de crédito.