Además de las notas de @Ubiquitous, recomendaría estos excelentes recursos gratuitos/abiertos de varios académicos. Todos ellos son publicados libre y abiertamente por los autores, y son todos de alta calidad (y todos en el "nivel de posgrado").
La monografía de Cochrane debería ser su primera parada para las series temporales, y punto. Stachurski cubre algunas de las teorías más interesantes detrás de las métricas. Creel proporciona un conjunto de notas muy agradable, de estilo deslizante, que le da la oportunidad de "examinar rápidamente" la teoría econométrica de postgrado (así como estimadores de cálculo paralelo muy interesantes). Train tiene buenos capítulos sobre estimadores basados en la simulación. Hansen es un libro de texto completo con una profundidad razonable.
Algo más lejos, pero quizás útil para el nivel de iniciación, son los libros de la serie "Think X" de Green Tea Press:
Se trata de verdaderos libros de iniciación, y muy excelentes como tales. Utilizo el "Problema del tren/del tanque alemán" de Think Bayes siempre que necesito ilustrar la utilidad/intuición de los enfoques bayesianos a un principiante.
Señalaré que para el autoestudio, Hayashi (señalado en otra respuesta) tiene mucho que ofrecer.
Editar : Si busca ejemplos amplios de metodologías, le recomiendo encarecidamente "Mostly Harmless Econometrics". El libro tiene un enfoque particular y un leve sesgo metodológico (ver Andrew Gelman buena reseña que señala algunos de los temas que faltan), pero sigue siendo excelente a la hora de sumergirse directamente en la aplicación de sus ideas, a través de ejemplos de la literatura y la replicación. Creo firmemente que la replicación es clave para aprender sobre los métodos de investigación, así que me gusta mucho su enfoque. Una pequeña advertencia: para llegar a las aplicaciones, hay que pasar por su larguísimo capítulo de introducción sobre los fundamentos de la regresión. Pero aguanta, ese capítulo también es estupendo, y después podrás disfrutar de los frutos de la aplicación/replicación.
Además, si quiere saber un poco más sobre lo que hacen los economistas, consulte estos dos libros no técnicos: "Passion and Craft" y "Lives of the Laureates". ("The making of an economist, redux", también es bueno, pero tal vez menos emocionante de leer. Tómelo como lo que vale, ya que los dos primeros libros no son necesariamente pasadores de páginas de acción).
Edición 2 Como señala @cc7768 en los comentarios, el sitio web de John Stachurski y Tom Sargent, QuantEcon es absolutamente fantástico. Esencialmente, trabajan a través de los principales conceptos básicos que se necesitan para la economía computacional (y muchas cosas son computacionales en estos días), y te dan ejemplos de código claros y de trabajo para un gran número de tipos de problemas importantes. Si estás interesado en las metodologías económicas, no dudes en consultarlo; de hecho, es el primer lugar en el que te recomiendo que te detengas. Es una forma muy fácil de sumergirse en ejemplos de metodología serios. Aprendí muchísimo con las primeras versiones de estos apuntes.