Supongo que el documento al que te refieres utiliza la prueba de Engle-Granger para la cointegración. El procedimiento de prueba estándar comprueba la existencia de raíces unitarias en los residuos de una regresión lineal. Es un "hecho estilizado" para los econometristas, que suelen ser los que publican artículos sobre el comercio de pares, que los precios logarítmicos linealizan mejor las características y, por tanto, producen un mejor ajuste del modelo para la regresión lineal (es decir, hacen que los residuos parezcan más normales).
Fuera de la negociación por parejas, hay muchas situaciones similares en las que utilizamos otros transformaciones para mejorar el ajuste del modelo. En su caso, puede aplicar transformaciones Box-Cox a los datos o, más concretamente, la extensión Yeo-Johnson. Sin embargo, hay que tener en cuenta una cuestión práctica: En la construcción típica de una estrategia de negociación de pares, el tamaño de la posición se determina por el "ratio de cobertura" de la misma regresión. No hay ningún problema de escala para utilizar los precios logarítmicos para los valores pequeños de los rendimientos, pero esto puede no ser el caso para otras transformaciones.