La cuestión no es tanto la normalización como la identificación de los parámetros de los vectores de cointegración. Los vectores de cointegración estimados definen el espacio de cointegración, pero muchos otros conjuntos de vectores abarcan este mismo espacio.
En el caso de que se tenga un único vector de cointegración, la normalización es suficiente para la identificación. No es así cuando se tiene más de un vector, en cuyo caso es necesario imponer restricciones, siendo el conjunto más común de restricciones de identificación la normalización triangular que usted menciona.
Johansen (1995, sección 2, teorema 3) proporciona un conjunto de condiciones algebraicas bastante fáciles de calcular (pero tediosas de teclear) para verificar que un conjunto de restricciones impuestas a los vectores de cointegración es identificativo.
También es posible identificar los vectores de cointegración imponiendo restricciones a la matriz de ajuste ( $\alpha$ ). Este panorama bastante reciente de Johansen puede ser útil.
Referencia: Johansen, Søren. "Identificación de las restricciones de las ecuaciones lineales con aplicaciones a las ecuaciones simultáneas y a la cointegración". Journal of econometrics 69.1 (1995): 111-132.
