Nivel (también llamada variable de stock), es una variable que mide algo en un momento determinado. Por ejemplo, medir el PIB en 2017 sería una variable de nivel (stock).
Flujo es una variable que mide la tasa de cambio del stock en el tiempo. Por ejemplo, si el crecimiento del PIB (que mide el flujo del PIB) fue $10\%$ en 2017 eso significa que el nivel/stock del PIB aumentó en $10\%$ .
En realidad, la Wikipedia tiene una explicación sorprendentemente excelente sobre las diferencias entre las variables de nivel/de existencias y de flujo/crecimiento que puede leer aquí (ver la parte de uso general).
No hay ninguna razón para querer aplicar siempre el IPC a las variables de flujo y el IPP a las variables de nivel. Esto debe ser algo específico de la investigación que estás leyendo y debe haber alguna otra razón detrás.
Si desea deflactar una variable de nivel utilizando algún deflactor particular, puede utilizar la siguiente fórmula:
$$Real X = \frac{Nominal X}{deflator/100}$$
Si quiere ajustar la variable de flujo, puede calcular primero la variación del deflactor y restar esa variación de la variable de flujo que es:
$$ g_r = g_n - \pi$$
donde $g$ es el real ( $r$ )/nominal ( $n$ ) flujo/velocidad de crecimiento respectivamente y $\pi$ La tasa de inflación, que es la variación del deflactor. Además, lo anterior es una aproximación de primer orden. La fórmula exacta viene dada por $1-g_r = \frac{1+ g_n}{1+\pi}$ pero esta fórmula exacta no se utiliza a menudo.