La pregunta lo dice todo. Mira el gráfico adjunto, en el cual VOO es azul oscuro, el índice es azul claro y SPY es violeta: hasta el 28 de junio, los tres se movieron más o menos al unísono, como cabría esperar. Desde el 28 de junio en adelante, el ETF ha estado consistentemente por debajo de los otros dos. Al momento de escribir esto, el índice está arriba un 0,01%, SPY está abajo un 0,01%, pero VOO está abajo un 0,17%. ¿Por qué? 
Respuesta
¿Demasiados anuncios?
VOO pagó un dividendo de 1.157 el 3 de julio para cualquier persona que tuviera acciones a partir del 28 de junio, por lo que efectivamente el "valor" del ETF bajó por la misma cantidad (ya que parte de sus activos se distribuyeron en efectivo).
El índice S&P 500 incluye los dividendos que se pagaron, de ahí la diferencia.
Sospecho que verías una diferencia similar con SPY si trazas hacia atrás antes de su último dividendo el 15 de junio.
El rendimiento total (rendimiento de precio más dividendos) debería seguir al S&P, no solo al precio en sí.
