El markup es cuánto el vendedor está añadiendo al costo para obtener el precio de venta.
El margen es cuánto del precio de venta está disponible para gastos generales y beneficios.
Usarías markup cuando estés más preocupado por los costos que por el precio de venta. Usarías margen cuando estés más preocupado por el precio de venta que por los costos.
$$\frac{\text{markup}}{\text{margen}} = \frac{\frac{\text{Precio}-\text{Costo}}{\text{Costo}}}{\frac{\text{Precio}-\text{Costo}}{\text{Precio}}} = \frac{\text{Precio}}{\text{Costo}}$$
Dado que el costo generalmente es menor que el precio, el markup generalmente será mayor que el margen.
El beneficio (tanto contable como económico) no será más que el margen. Así que, si quieres hablar sobre ganancias, podrías empezar considerando el margen.
$$\text{markup} = \frac{\text{Precio}}{\text{Costo}} - 1$$ $$\text{margen} = 1 - \frac{\text{Costo}}{\text{Precio}}$$
Una razón por la que usarías markup en lugar de margen es que quizás no sepas el precio. Si tienes algo que cuesta una unidad y quieres un markup del 100%, entonces descubres que el precio es de dos unidades.
$$\text{Precio} = \text{markup}\cdot\text{Costo} + 1$$