El 1099-SA no se corregirá, porque significa todo el dinero que se distribuyó en el año natural 2017. El dinero se distribuyó en el año natural 2017, por lo que el importe de tu 1099-SA es correcto.
Pero esto es lo que tienes que entender: Ese dinero sí fue para gastos médicos cualificados desde la perspectiva de 2017, ya que sí se lo pagaste a tu médico. El hecho de que el médico te cobrara de más y te lo devolviera al año siguiente es irrelevante para tus impuestos de 2017.
Para 2017, el importe en cuestión es un gasto médico cualificado, por lo que no hay que pagar impuestos ni sanciones.
En 2018, cuando recibió el reembolso, el gasto se convirtió en un gasto no calificado; sin embargo, debido a que devolvió correctamente el reembolso a su HSA como una distribución errónea, no se adeudará ninguna multa/impuesto, esta cantidad no contará para su límite de contribución y aún debería poder contribuir con la cantidad total además de este reembolso.