Un multi-curve significa que se observan los instrumentos de descuento (como los fed funds) y la proyección (libor, curva de swap) y se resuelve todo al mismo tiempo; a diferencia de hacer bootstrapping por separado de una curva de proyección y una curva de descuento.
Un documento sencillo con ejemplos es Numerix Model Calibration: The Multiple Curve Approach.
Una introducción más detallada es Ametrano, Bianchetti. Everything You Always Wanted to Know About Multiple Interest Rate Curve Bootstrapping, but Were Afraid to Ask (2013).
Un libro completo sobre el tema escrito por el Jefe de Investigación Cuantitativa de OpenGamma Marc Henrard. Interest Rate Modelling in the Multi-Curve Framework: Foundations, Evolution and Implementation. Palgrave Macmillan (2014).
Sería muy difícil hacerlo limpiamente en Excel. Normalmente los usuarios de Excel llaman a un complemento escrito en C++ u otro lenguaje similar.