Haciéndome eco de respuestas anteriores, a menos que se especifique lo contrario, un trabajo como éste (en el que un cliente paga a un contratista por su trabajo) se considera un trabajo realizado por encargo en virtud de la Ley de Propiedad Intelectual de Estados Unidos. De acuerdo con esto, toda la propiedad intelectual (como el código fuente) se transferiría al cliente.
Encontrará una sólida FAQ sobre derechos de autor y obras por encargo en: http://copyright.gov/circs/circ09.pdf .
Dicho esto, podrías redactar el acuerdo de forma que el cliente te conceda la licencia del código a cambio de una tarifa plana única o de pagos continuos basados en una suscripción (que tú posicionarías como soporte y acceso a actualizaciones). Si el cliente despliega la aplicación en su propia infraestructura, incluya en el acuerdo una cláusula de protección contra la difusión no autorizada del código a terceros no autorizados.
El cliente también exigirá (probablemente) una cláusula que establezca que asume la propiedad del código en caso de que quiebres o comuniques que ya no te comprometes a mantener el producto. Si buscas "fideicomiso de código fuente", encontrarás algunas ideas.