Depende del emisor de su tarjeta.
Con American Express (Reino Unido), no he tenido problemas para pagar de más y luego poner un cargo por el saldo positivo + la mayor parte del límite de crédito. De hecho, les llamé para preguntarles la primera vez que quise hacerlo y me confirmaron que estaba bien, pero me advirtieron de que su sitio web solo informaría del "crédito disponible" del límite de crédito, sin incluir también el saldo positivo.
En otra tarjeta, normalmente redondeo mi pago mensual, por lo que a principios de mes suelo tener unas cuantas libras de crédito. Cuando me conecto al servicio online de esa tarjeta, muestra el límite de crédito como normal, y un crédito disponible de límite de crédito + saldo positivo. Sin embargo, cuando pregunté al emisor de la tarjeta sobre la posibilidad de cargar una cantidad considerable de pago en exceso en la tarjeta para una compra importante, me dijeron que no estaba permitido y que se reservaban el derecho de cerrar mi tarjeta si lo hacía, y que no era algo que normalmente permitían.
Así que creo que la mejor opción es llamar a la entidad emisora de la tarjeta y preguntarle. Si te dan el visto bueno, paga de más unas cuantas libras/dólares/euros/etc, y luego comprueba tu saldo y crédito disponibles. Si no ha subido, llama para comprobarlo y, cuando esté solucionado, haz el gran pago en exceso y utiliza por fin la tarjeta.