En una transacción equilibrada, la suma de los débitos debe ser igual a la suma de los créditos.
En tu Caso 1, parece que hiciste una transacción en dos cuentas del tipo Activo, la cuenta bancaria y la Cuenta de Reembolso ABC. Dado que una debe ser debitada y la otra acreditada, es imposible que ambas aumenten simultáneamente a partir de una transacción.
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Cuando pagas Cuotas de Impuesto sobre la Renta antes de recibir una evaluación fiscal oficial (factura de impuestos) tienes derecho a contar esas cuotas como un activo. En efecto, tu dinero está siendo retenido por el Departamento de Impuestos - lo cual es análogo a tu dinero siendo retenido por tu banco. Por lo tanto, tu dinero en tu cuenta bancaria y tu dinero en el Departamento de Impuestos son ambas cuentas de activo en tu sistema contable.
Cuando el Departamento de Impuestos te da una factura oficial, la mayoría de tus cuotas prepagadas se utilizarán para pagar la factura de impuestos. Si hubiera exceso de pagos anticipados, ese dinero te regresará como un "reembolso de impuestos". Sin embargo, este no es dinero nuevo - siempre fue tu dinero (tu activo).
Lo que sucede cuando depositas el cheque de reembolso del Departamento de Impuestos en tu banco (o si hacen una transferencia directa a tu banco) es que el dinero pasa de una de tus cuentas de activo a otra de tus cuentas de activo. No te vuelves más rico, pero tu dinero (retenido por alguien más) regresa a tu cuenta bancaria. Por eso el saldo de la cuenta "Cuotas de Impuesto Prepagadas" (que sería un nombre más preciso que "ABC Reembolso") disminuye al mismo tiempo que aumenta el saldo de tu cuenta bancaria.
En tu caso 3, creo que tienes una comprensión equivocada de débitos y créditos. Un débito aumentará el valor de una cuenta activo, y un crédito disminuirá. Tu transacción para comprar la casa involucró un crédito de $5000 a tu cuenta bancaria pero aparece como una "retirada" de $5000 porque en algún lugar de la configuración de GnuCash dice usar "depósito/retiro" en lugar de "débito/crédito" para cuentas bancarias. El otro lado de la transacción de compra fue debitar (aumentar) el valor de la cuenta de activos de la casa en $5000. GnuCash está mostrando correctamente un valor de débito en la cuenta de la casa - pero creo que estás interpretando ese valor de débito incorrectamente.
Yo mismo he cometido el mismo error en el pasado. Los estados de cuenta de mi banco mostraban mis depósitos como un crédito, cuando yo debería considerar los mismos depósitos como un débito en mis cuentas. Pero hay que recordar que las cuentas del banco no son tus cuentas. Mientras tú (correctamente) consideras el dinero en tu cuenta en el banco como un activo, el banco considera que tu cuenta de depósito es una responsabilidad porque representa la cantidad que el banco te debe.
Así que creo que GnuCash está mostrando correctamente la situación para el Caso 3. No tengo suficiente información sobre el Caso 2 con tus monedas para darte una respuesta definitiva, pero sospecho que está sucediendo lo mismo. Si reconsideras las transacciones de monedas sabiendo que una transacción de débito aumenta el valor de un activo, la información de GnuCash puede tener más sentido.