La respuesta depende del modelo que se asuma para el subyacente. La situación de que el subyacente pueda volverse negativo también se da en los diferenciales de tipos de interés e incluso en los tipos de interés. En este caso, algunos utilizan cambios absolutos, es decir $X_{i} - X_{i-1}$ en lugar de cambios relativos $\frac{X_{i} - X_{i-1}}{X_{i-1}}$ o (que es casi lo mismo que los rendimientos relativos) log-returns $\log(\frac{X_{i}}{X_{i-1}})$
Si modeliza la rentabilidad como una distribución normal, está asumiendo que su subyacente es log-normal. De ahí que estime la vol a partir de los rendimientos logarítmicos.
Si se modelan los cambios absolutos como una distribución normal, se estimaría la vol histórica a partir de los cambios absolutos.
Ya que habla de opciones y vol, debería saber cuál es su modelo supuesto.
PD: También puede encontrar más detalles en http://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=2194917