A Hacienda no le importa. Lo más probable es que tampoco le importe a quien le demande.
Estoy seguro de que está ejecutando su SMLLC con el tratamiento fiscal por defecto "pass-through" (no el tratamiento fiscal "corporativo" donde presenta su propio formulario 1120). Así que el IRS lo considera una "entidad no considerada" y no podría importarle menos si el dominio es tuyo personalmente o en la LLC.
La principal característica de una SMLLC es la protección de la responsabilidad. Ahora bien, para mantener ese escudo de responsabilidad, es necesario llevar los asuntos del negocio como una "persona" corporativa separada, y tener el "dinero y los activos del negocio" estrictamente separados del "dinero y los activos personales". Obviamente, esto debe incluir una contabilidad separada, y el nombre de dominio debe ser llevado como un activo en los libros, y su costo debería haber sido un gasto. Sin embargo, si su negocio es sólido (más de 5 dígitos anuales) y el nombre de dominio es uno de los sólo ejemplo de manejo descuidado de activos, eso no amenazaría su escudo de responsabilidad a menos que la demanda sea sobre el nombre de dominio.
Del mismo modo, debes establecer un valor contable razonable para el nombre de dominio (¿qué tal lo que pagaste?) y tratarlo en los libros de contabilidad como un activo de la LLC, y tratar tu coste personal por el dominio como una inversión en efectivo en el negocio.
Puede hacerlo con carácter retroactivo, ya que básicamente se trata de un cambio en sus libros de contabilidad. No tiene ningún efecto sobre tus impuestos, porque es "pass-through", así que Hacienda lo ve igual de todas formas.
Tenga en cuenta que el nombre de dominio es un gasto empresarial; ya sabe lo que eso significa para la deducibilidad.