Cualquier negocio, autónomo o no, sería prudente retener todo relacionados con ese negocio durante al menos siete años, si no más.
Debe tener archivos para comunicaciones, impuestos, contabilidad, registros de transacciones, contratos, etc.
Para registros físicos (recibos, impresiones, cartas, etc.), tengo archivos donde almaceno y clasifico dichos registros. Bueno, en realidad no son "archivos". Simplemente meto estas cosas en una caja que tengo en mi despacho. Luego, en enero de cada año, cierro la caja. Escribo el año anterior en el exterior, y guardo la caja fuera del camino. Luego empiezo una nueva caja para el nuevo año.
Para registros digitales En la actualidad, creo un directorio con el título del año, luego comprimo el directorio y hago una copia de seguridad en al menos 3 ubicaciones, una de ellas fuera del sitio. Aunque lo hago en enero para el año anterior, tiendo a mantener estos elementos digitales disponibles durante al menos otro año. La mayoría de los registros están en forma de correos electrónicos, así que hago un archivo de mis cuentas de correo electrónico y hago una copia de seguridad de ellas. Sabiendo que ya se ha hecho una copia de seguridad, borro los elementos cuando está claro que ya no necesito poder acceder a nada con regularidad; es decir, si un cliente se ha ido, puedo borrar sus correos electrónicos sabiendo que tengo una copia de seguridad. Siempre puedo desarchivar los correos y volver a acceder a ellos si lo necesito. Cuando empecé, imprimía los correos electrónicos, pero rápidamente se hizo insostenible por la falta de una función de "búsqueda" y la gran cantidad de papel/tóner que se necesitaba. Mantener las cosas en formato digital hace que sea mucho más fácil encontrar algo más tarde.
Soy no diciendo que esta es la forma correcta absoluta de hacer algo, simplemente cómo lo he manejado.