(Esta respuesta se basa en el sistema bancario de EE.UU.; si no es su caso, edítelo adecuadamente).
Probablemente hay dos lugares donde el ladrón podría ir a cobrar el cheque:
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Su banco
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El banco del emisor
Es poco probable que los bancos terceros quieran cobrar un cheque emitido por un banco diferente para un beneficiario que no es su cliente. Así que notificar a ambos bancos sería un buen comienzo.
Además, es de esperar que el ladrón no se parezca a ti y no pueda pasar usando tu identificación. El ladrón también tendrá que falsificar tu endoso en el cheque: si va a tu banco, pueden cotejarlo con tu firma que tienen archivada y, con suerte, no coincidirá. (El banco del emisor no se daría cuenta, por supuesto, así que sigue leyendo).
Aunque el cheque sea cobrado, al final deberías estar bien, según tengo entendido. El emisor del cheque aún te debe el dinero; no puede demostrar que te ha pagado hasta que tenga el cheque cancelado (o su imagen) con tu endoso válido. Así que tiene que darte otro cheque, eventualmente. (Esto supone que el cheque era el pago de una deuda de algún tipo; si era un regalo o algún otro tipo de pago voluntario, podría en este momento cambiar de opinión y decidir no pagarte después de todo).
El emisor también debería estar bien. Si el cheque se cobra y se carga en su cuenta, debería ir a su banco y decirles que el endoso es falso. Puede que le pidan que firme algo donde declare bajo pena de perjurio que la firma no es suya. Entonces le volverán a acreditar en su cuenta, para que pueda volver a pagarle.
(Normalmente, el banco que cobró el cheque será el responsable de la pérdida; era su responsabilidad asegurarse de que pagaban al beneficiario legítimo, y no cumplieron con esa responsabilidad. Diversas cuestiones de procedimiento pueden desplazar esa responsabilidad entre los bancos, pero en última instancia no debería ser ninguno de los dos clientes el que sufra, a menos que alguien haya hecho algo realmente negligente, como no denunciar el robo durante meses).
Obviamente, todo esto sería mucho más sencillo si el emisor pudiera llamar a su banco de inmediato y suspender el pago. Esto puede hacerse por teléfono o en línea, así que "fuera de la ciudad" no debería ser un problema, a menos que esté en el bosque o algo así. Si puede hablar contigo, puede hablar con ellos.