(Se asume la jurisdicción de los Estados Unidos)
Si el cliente hizo el cheque a su nombre, entonces le pagó la mitad. Él necesitaría su SSN o EIN (Tax ID) para mostrar el pago en sus impuestos a usted como un pago 1099. Si él fuera a no hacer esto, parecería que hizo la totalidad de los $ 6k y debería impuestos sobre todo. Tiene razón al querer reclamar el pago a usted para disminuir su responsabilidad fiscal.
Necesitarías su SSN/EIN para demostrar de dónde provienen tus 3 mil dólares. Si a te cortó un cheque, te pagó. El cliente hizo no pagarle. De hecho, debería emitirte un formulario 1099 con sus datos.
Si te reclama como "empleado", entonces tiene que emitir un W2 para tus impuestos. Y también está en el gancho para el desempleo, la seguridad social, etc, en torno a su posición de empleo. Es dudoso que quiera declararte como "empleado". Sospecho que, o bien tú has utilizado mal esa palabra, o bien él lo ha hecho.
Si ambos recibieran dinero del cliente, entonces ambos declararían impuestos de forma independiente sobre los fondos utilizando el número de identificación fiscal del cliente como identificador de la fuente de ingresos.
Como en todos los asuntos relacionados con los impuestos, debería hablar con un profesional de los impuestos . Mientras que otros autónomos pueden tener alguna experiencia en asuntos similares, sólo profesionales de los impuestos estará en condiciones de asesorar directamente. Yo soy no un profesional de la fiscalidad.