Puede intentar mantenerlos separados
Creo que la forma "correcta" de enfocar esto es que tus libros personales y los de tu negocio estén completamente separados. Tendrías que pensar realmente en ellos como cosas separadas, de tal manera que en lugar de estar decepcionado por el hecho de que no haya "transacciones cruzadas" entre los archivos, pienses en ello como "En mi cuenta personal invertí en un nuevo negocio como cualquier otra inversión" con una transferencia de tu cuenta personal a una cuenta de acciones u otra cuenta de inversión en tu empresa, y "Este negocio recibió algo de capital adicional" que uno maneja con una transferencia (probablemente de Patrimonio) a su cuenta corriente o similar.
Sí, no tienes las comprobaciones integradas de que has introducido la misma cantidad de dólares en cada una, pero (1) de todas formas necesitas conciliar tus libros con la realidad de vez en cuando, así que los errores deberían detectarse, y (2) las transacciones son realmente cosas separadas desde la perspectiva de cada entidad.
Pero si realmente quieres poner todo en un conjunto de libros
La principal forma de "hackearlo" sería tener cuentas de nivel superior separadas para el patrimonio, los ingresos, los gastos y los activos/pasivos de la empresa. Es decir, sus cuentas de nivel superior serían "Patrimonio personal", "Patrimonio del negocio", "Ingresos personales", "Ingresos del negocio", etc. Usted puede combinar el Activo y el Pasivo dentro de una sola cuenta de nivel superior si lo desea, lo que puede ayudarle con esa "perspectiva del valor de mi negocio" que está buscando. (De hecho, en mis libros personales, tengo en la cuenta de "Activos corrientes" tanto cosas normales como mi cuenta de cheques, pero también mis tarjetas de crédito, porque una vez que gasto el dinero en mi tarjeta de crédito quiero pensar que el dinero se ha ido, ya que es así. Obviamente esto no es una "contabilidad estándar" de ninguna manera, pero funciona bien para lo que yo uso).
También podría tener dentro de cada cuenta de marcador de posición de nivel superior "normal", una cuenta de marcador de posición tanto para "Personal" como para "Mi Negocio", para al menos tener una estructura consistente. Dependiendo de cómo su negocio está siendo gravado en su jurisdicción, esto puede incluso estar más cerca de cómo sus autoridades fiscales tratan las cosas (si, por ejemplo, los ingresos del negocio van todos en su declaración de impuestos personal, pero en un formulario separado).
Independientemente de cómo configure las cuentas, puede crear informes y filtrarlos para incluir sólo ese conjunto de cuentas comerciales. Puedo ver cómo sólo mirar la lista de cuentas y los registros de transacciones puede ser útil para muchas cosas, pero los informes le permiten mirar todo lo que necesita y se maneja mucho mejor cuando se quiere mirar a través de un filtro a sólo una parte de su imagen financiera. Una vez que configures los informes (y puedes hacer informes sobre listas de saldos de cuentas, así como listas de transacciones, y muchas otras cosas), puedes guardarlos como Informes Personalizados, y luego abrirlos cuando quieras. Incluso puede dejar una pestaña de informe (o varias) abierta, y cambiar a ella (refrescándola si es necesario) al igual que podría cambiar a la pestaña principal de la Lista de Cuentas. Sospecho que una vez que lo haya configurado y lo haya probado durante un tiempo, lo encontrará bastante satisfactorio.