¿Estás seguro de que estás usando el mismo rango de fechas? Si estás usando Max, entonces no, ya que ^FTMC se remonta al 1/12/1985 mientras que ^GDAXI sólo se remonta al 1/11/1990. Si introduzco un rango de fechas personalizado del 1/11/1990 al 24/10/2015, obtengo:
y:
que, aparte de las fechas que eligió utilizar como etiquetas en los ejes x, parecen idénticas.
(He intentado añadir las URL de los gráficos, pero parece que las URL de Yahoo! no incluyen el símbolo de comparación, lo que las hace inútiles para esta respuesta. Sin embargo, son bastante fáciles de construir, sólo hay que añadir el símbolo secundario usando el botón de comparación y establecer el rango de fechas usando el botón de calendario).
Sobre tu PS, no sé, como puedes ver por mis gráficos incluso eligió diferentes etiquetas cuando los rangos de fechas eran idénticos (aunque al menos no escaló las diferentes fechas de manera diferente), así que tal vez está tratando de ser "inteligente" y elegir las fechas en función de la cantidad total de datos disponibles para el símbolo primario, que es diferente en los dos casos.