La regla es que el importe del cheque escrito en palabras tiene prioridad sobre el importe escrito en cifras (números).
En teoría, esto significa que el OCR sólo lee la cantidad de palabras escritas. O tal vez se leen ambos para desarrollar algún nivel de confianza de que la cantidad escrita en palabras fue leída correctamente.
Es posible que algunos cajeros automáticos sólo lean el importe escrito en números (lo que es técnicamente incorrecto), pero tenga en cuenta que cualquier/todos los datos leídos por el cajero están sujetos a revisión.
En mi experiencia, después de que el cajero automático escanea el cheque y "lee" el importe del mismo, se le muestra (en pantalla) el importe que ha leído y se le pregunta si es correcto. Si responde "No", se le permitirá introducir manualmente el importe "correcto".
La cuestión es que, en un momento posterior, una persona verificará que la cantidad fue leída correctamente a partir de la cantidad escrita en palabras. Para el importe que está escrito en números, puede estar en cualquiera de las formas que has sugerido, u otras que pueden o no ser legibles, o incluso no estar presentes (en blanco)... básicamente, no es relevante para determinar el importe del cheque.
En cuanto a tu otra pregunta sobre la inclusión del "separador de miles"...
Siempre lo incluyo, pero también incluyo la cantidad de "Cents" aunque sea cero (.00), así que lo escribiría en números (aquí en Estados Unidos) como 1,234.00 . Pero, como ya he dicho, esta cantidad no se utiliza para determinar el importe que se pagará por el cheque.
